脂肪酸甲酯是一種重要的化工中間體，廣泛應用于皮革化工和日用化工，用它可進一步轉化為其它酯、酯氨、酯磺酸鹽和高碳脂肪酸等。在皮化行業用作生產皮革甲酯劑，也可以生產磺化琥珀酸脂肪酰胺酯二鈉鹽，是一種很有前途的紡織洗滌劑。將其加氫可制備高碳脂肪醇，而高碳脂肪醇是日用化妝品、香料等生產上不可缺少的原料之一，也是生產增塑劑、洗滌劑和表面活性劑(MES)，MES是采礦的浮選劑；將其皂化、酸化后，還原成混合脂肪酸，供制皂制漆用。
脂肪酸甲酯是用途廣泛的表面活性劑(SAA)的原料。從脂肪酸甲酯出發可生產兩大類表面活性劑，一類是通過磺化中和生產脂肪酸甲酯磺酸鹽(MES)，另一類是通過加氫生產脂肪醇。全脂肪醇的57%是由脂肪酸甲酯生產的，43%由脂肪酸生產。脂肪醇經乙氧基化生產醇醚(AE)、AE經磺化 中和生產醇醚鹽(AES)。也可將脂肪醇經磺化、中和生產伯烷基鹽(PAS)。因此，脂肪酸甲酯是MES、AE、AES和PAS等SAA的原料和中間體