與原鐵道部的內設構相比，鐵總一共設有20個內部構，比原鐵道部的構多出三個。其中，撤銷了公安局，新增了物資管理部、資本運營和開發部、審計和考核局。

在保留的構中，除辦公廳、運輸局、中華全國鐵路總工會、全國鐵道團委、直屬關黨委、離退休干部局名稱不變外，其他構，如財務司、科學技術司、人事司、勞動和衛生司、國際合作司、建設管理司統一由“司”改成了“部”或“局”。此外，一些部門名稱有了較大變化，例如，策規司改為發展戰略與事務部，發展計劃司改為計劃統計部。

但改變的只是名稱，在關內設構中，級別一樣，待遇不變。不同的是，坐在同樣辦公室的官員，都已經不再是“公務員”身份。

以新的“公司”操持龐大的鐵路系統，鐵總的步改革落在貨運改革上。

“到目前為止，鐵總進行的比較大的改革都落在貨運改革上。因為貨運受到的關注少，相較于客運改革阻力小，同時也是鐵路利潤的主要來源。從去年6月進行的貨運改革，增加了貨源，減少了手續，對貨主和鐵路工作人員都是好消息。今年的貨運運價改革也將帶來不菲的收入。”一位鐵科院研究員告訴記者。

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